Spécialiste des manuscrits de la mer Morte, Jean Duhaime est reconnu internationalement pour ses travaux sur la Règle de la guerre, un écrit propre à la communauté de Qumrân et qui caractérise bien le groupe juif qui l’a produit entre le 3^e siècle avant Jésus-Christ et le 1^er siècle après Jésus-Christ. Son intérêt pour le monde juif ancien l’a amené à cultiver une relation particulière avec les communautés juives actuelles et à s’engager dans un groupe de dialogue judéo-chrétien.